제주마는 오랜 기간 동안 국내에 사육되어온 유일의 재래 말자원으로 천연기념물 지정 이후 2000년 초 혈통등록 사업이 진행되어 보존 관리되어 오고 있다. 본 고찰에서는 제주마의 기원과 모색 특성에 대해 기술하고자 한다. 제주도에 말이 사육되었던 기원은 고고학적으로 구석기와 청동기, 철기 시대 유적지에서 말의 뼈가 출토되어 선사시대부터 말이 사육되었던 것으로 추정되다. 또한 제주마의 mtDNA D-loop 염기변이 분석으로 근연관계를 추정한 결과 제주마는 몽골마 등 다양한 품종과 모계 근연관계를 형성하고 있었다. 반면에 일부 제주마에서는 다른 품종과 근연관계를 형성하고 있지 않아 고유한 모계 조상 후손이 존재하고 있는 것으로 추정된다. 따라서 제주마는 선사시대부터 고유한 말이 사육되었으나 외래 품종이 유입된 집단으로 사료된다. 제주마의 기원에 대한 보다 심도 있는 연구를 위해 Whole genome SNP array를 이용해 전장유전체 수준에서 근연관계 연구가 필요할 것으로 사료된다. 제주마의 모색은 전통 분류 방식으로는 12종으로 대분류 된다. 1960년대 제주마 모색은 bay 42.7%, chestnut 30.5%, gray 13%, black 7.3% 순으로 다양하게 분포하고 있었다. 그러나 최근에는 gray 모색이 68.2%로 증가하여 일부 모색으로 편중되어 다양성이 감소하였다. 제주마의 모색 다양성을 확보하기 위해서는 모색 유전자 분석으로 개체별 번식 계획이 필요할 것으로 사료된다.