육종 목표는 시대의 흐름과 고객의 요구에 발맞춰 조금씩 달라지고 있는데, 전체적인 흐름은 사료 효율에 초점이 맞춰지고 있는 양상이다. 대부분의 육종회사들은 선발의 정확도를 극대화하기 위해, 전통적인 선발 방법으로부터 유전체 선발 방법을 적용하고 있거나, 적용을 심각하게 고려하고 있다. 2000년대에 제안된 유전체 선발은 유전체를 모두 포함하는 수천 개의 단일 염기 다형성(single nucleotide polymorphism; SNP)에서의 유전자형에 기초하여, 개체의 유전가(genetic value) 예측을 시도하였다. 이들의 방법은 각 마커의 개별적인 중요성을 고려하지 않고, GEBV (genomic estimated breeding value) 를 계산하는 것이다. 유전체 선발을 위해서는 표현형 기록 또는 후대 검정을 통해 높은 정확도의 육종가를 가진 개체들이 genotyping되어 참조 또는 훈련 집단으로 구성되어야 한다. 이를 통해 마커 효과 추정치를 구하고, genotyping된 선발 후보 개체에 적용하여 GEBV를 계산한다. 마커 효과 추정치를 충분히 신뢰할 수 있는 참조 집단에서 충분한 genotyping을 해야하고, 적절한 선발 강도를 얻을 수 있도록 선발 후보 개체에서도 충분한 genotyping을 진행해야 하는 한편, genotyping하는데는 비용이 적지않게 들기 때문에, 비용 문제를 최적화하기 위한 전략적 시스템도 필요하다. 돼지의 유전체 선발에서 제기되기 문제 중 하나는, 소와 다르게 비육용 돼지를 생산하는 종돈이 대부분 교잡종이어서, GGP에서 실시하는 유전체 선발이 실제 비육돈 생산 환경에서도 활용할 수 있으려면 통계 모델 내에 잡종 강세를 설명할 수 있는 비상가적 유전 효과를 포함해야 GEBV의 신뢰도를 높이고, 편의(bias)를 줄일 수 있다. 돼지에서 유전체 선발의 도입에 대한 전망은 일반적으로 유전력이 낮은 형질 또는 집단의 일부에서만 기록되는 형질, 즉 암컷에서만 기록되는 산자수나 건강 형질에 대해서 이점이 클 것으로 보인다. 대조적으로 중도에서 고도의 유전력을 지닌 능력 형질이나 돼지 검정 프로그램의 일부를 사용하여 기록된 형질에 대해서는 이점이 크지 않을 것으로 생각된다. 새로운 형질 개량의 연구 중 공격성에 대한 육종 시도도 꾸준히 진행되고 있다. 연구보고에 의하면, 싸움이 면역계를 억압하고, 질병 발생의 가능성을 증가시키며, 사료 섭취량을 낮추기 때문에 공격성에 주의해야 한다고 한다. 또 다른 육종 시도는 장내 미생물과 성장의 관계를 알아보려는 것이다. 장내 좋은 박테리아와 나쁜 박테리아의 비율이 성장에 어떤 영향을 미치는지 알아낸다면, 이는 돼지의 건강 증진과 질병 예방을 동시에 추구할 수 있을 뿐 아니라 돼지 육종의 주된 목적인 성장율 극대화와 사료 효율 증진에 직결되는 해결책이 될 수 있을 것이라고 한다.